O governo do Laboratório Associado TERRA assenta numa estrutura leve, eficiente e inclusiva, promovendo decisões transparentes e descentralizadas. São seis os órgãos de gestão: o Conselho Coordenador, o Diretor Executivo, os Conselhos de Linha Temática, o Conselho Científico, a Comissão Externa de Acompanhamento Científico, o Conselho de Políticas Públicas.